C-ImmSim è uno dei modelli computazionali più avanzati del sistema immunitario. Il software utilizza stringhe (di bit o di amminoacidi) per rappresentare il "sito di legame" di cellule e molecole. C-ImmSim è un modello basato su agenti che include le principali classi di cellule immunitarie del lignaggio linfoide e alcune del lignaggio mieloide. Le cellule T helper sono divise in cinque fenotipi e le cellule B sono divise nei due fenotipi. Tutte queste entità interagiscono tra loro seguendo una serie di "regole" che descrivono le diverse fasi del riconoscimento e della risposta del sistema immunitario contro un patogeno. C-ImmSim tiene conto della fagocitosi, della presentazione, del rilascio di citochine, dell'attivazione cellulare dallo stato inattivo o anergico, della citotossicità e della secrezione di anticorpi e incorpora i seguenti meccanismi immunologici: la teoria della selezione clonale, la teoria della delezione clonale, l'ipermutazione degli anticorpi, il limite di Hayflick, l'anergia delle cellule T, la tolleranza indotta dalla dose di Ag nelle cellule B, e le teorie del pericolo e della rete idiotipica.
C-ImmSim è uno dei modelli più dettagliati della risposta immunitaria umana. Considerando la sua modularità e flessibilità, ha il potenziale per riprodurre le dinamiche della risposta immunitaria a specifici patogeni (batteri e virus) e malattie (ad esempio cancro, malattie autoimmuni, diabete, tra gli altri). La capacità di utilizzare stringhe di amminoacidi ha rappresentato un grande passo avanti nella modellazione del sistema immunitario e getta le basi per lo sviluppo di prodotti commerciali per pipeline di scoperta di farmaci, vaccinologia e sperimentazioni cliniche in silico. A lungo termine, ha il potenziale per diventare uno dei principali modelli in silico per il trattamento personalizzato di malattie e patologie in cui il sistema immunitario svolge un ruolo centrale.