Il metodo è basato su sequenziamento per mappare l'accessibilità di eucromatina ed eterocromatina. Il metodo si basa sull'estrazione in sequenza di frazioni nucleari distinte contenenti: proteine solubili (frazione S1); il surnatante ottenuto dopo il trattamento con DNasi (frazione S2); cromatina DNasi-resistente estratta con un buffer ad alto contenuto di sale (frazione S3); e la porzione più condensata e insolubile di cromatina, estratta con urea che solubilizza le restanti proteine e membrane (frazione S4). Abbiamo ulteriormente adattato il metodo per eseguire il sequenziamento del DNA per la mappatura dell'intero genoma nelle frazioni distinte. Le frazioni insolubili sono riproducibilmente arricchite nelle regioni eterocromatiche associate alla lamina (LAD), mentre quella più solubile è correlata all'eucromatina. Così con un protocollo unico siamo in grado di descrivere l'accessibilità di eucromatina ed eterocromatina.
Il nostro protocollo risolve alcuni limiti sperimentali presenti in altri metodi per la mappatura delle regioni eterocromatiche. Innanzitutto, la procedura può essere applicata su cellule primarie, dal momento che non richiede l'espressione genica esogena come nella DamID-seq. Il SAMMY-seq non implica modifiche chimiche della cromatina, che potrebbero causare artefatti nel sequenziamento. Inoltre, non si basa su anticorpi per arricchire specifiche frazioni di cromatina, evitando così problemi legati alla specificità, alla produzione, alla variabilità dei lotti e alla reattività degli anticorpi. Questo è molto importante quando si studiano i cambiamenti epigenetici delle cellule in cui i livelli proteici dei fattori associati alla cromatina potrebbero essere alterati, consentendo così una maggiore flessibilità in termini di disegno sperimentale rispetto alle tecniche basate su anticorpi. Infine, SAMMY-seq è estremamente riproducibile anche a una profondità di sequenziamento inferiore o con un numero ridotto di cellule iniziali (10K). Il protocollo richiede circa 3 ore di lavoro al banco, escludendo l'estrazione del DNA e la preparazione della libreria.
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