Gli aptameri, oligonucleotidi a singolo filamento che si legano ad alta affinità ad una proteina bersaglio, sono selezionati da ampie librerie mediante cicli ripetuti di incubazione della libreria con il bersaglio, recupero e amplificazione degli oligonucleotidi legati (tecnologia SELEX, Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment). La SELEX può essere applicata per la generazione di aptameri contro una proteina di interesse o per l’identificazione di biomarcatori che caratterizzano uno specifico fenotipo cellulare.
Tecnologie
In questa sezione è possibile visionare, anche attraverso ricerche mirate, le tecnologie presenti nel Database di PROMO-TT. Per maggiori informazioni sulle tecnologie e per contattare i Team di Ricerca del CNR che le hanno sviluppate è necessario rivolgersi al Project Manager (vedi i riferimenti in fondo a ogni scheda).
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La Biocrystal Facility, un laboratorio multidisciplinare nato nell’Istituto di Biologia e Patologia Molecolari del CNR in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biochimiche dell’Università Sapienza, ha come obiettivo quello di supportare i ricercatori italiani e le aziende nella progettazione di nuovi farmaci e vaccini attraverso lo “structure-based drug design”.
I dispositivi di rilevazione della presenza di molecole d’interesse (analiti) hanno goduto di un rinnovato slancio per l’introduzione di elementi biologici (biosensori). La loro elevata specificità è utilizzata in svariati campi, dal monitoraggio ambientale e la bio-medicina fino alla tutela e la promozione dei prodotti agroalimentari. Tuttavia, l’alto costo di produzione e la poca compatibilità a campionamenti di massa (high-throughput) talvolta ne limitano l’utilizzo.
La drammatica emergenza sanitaria mondiale per la pandemia dovuta al SARS-CoV-2 richiede nuovi dispositivi diagnostici, in grado di identificare la presenza del virus nei campioni biologici dei pazienti. In tale direzione, lo sviluppo di un test innovativo a basso costo, che fornisca l’esito entro pochi minuti, riproducibile e che possa rivelare la presenza diretta anche di poche particelle virali, sarebbe di fondamentale importanza per il monitoraggio e il contenimento della pandemia.
La piattaforma HistoPlat prevede lo sviluppo e validazione di un algoritmo matematico, potenzialmente abbinabile ad un software di analisi di immagine, che, mediante un approccio multiparametrico comprendente l’analisi immunoistochimica di espressione e di localizzazione di più marcatori, consenta all’istopatologo o all’oncologo di ottimizzare la diagnosi e la prognosi, e di prevedere la risposta clinica a terapie mirate verso target molecolari validati e/o innovativi, tenendo conto anche della variabilità individuale di ciascun paziente.
L’idea è quella di migliorare le tecniche di tracciabilità/rintracciabilità dei prodotti della pesca attraverso l’applicazione di “tecnologie omiche” nello studio della microbiota.
Il software EXPO per la determinazione strutturale tramite diffrazione X da polveri microcristalline
EXPO è un software finalizzato alla determinazione della struttura atomica di materiali di varia natura (organici, metallorganici, inorganici), disponibili nella forma di polveri microcristalline, per risalire alle relazioni struttura-proprietà. EXPO richiede la formula molecolare del materiale, i dati sperimentali di diffrazione X e, in alcuni casi, la geometria molecolare attesa.
QUALX è un software per l’analisi qualitativa e semi-quantitativa di materiali (organici, metallorganici, inorganici), disponibili in forma di polveri microcristalline. Esso è dotato di un database distribuito insieme al software. QUALX identifica la fase chimica cristallina, una o più di una, presente in un materiale e determina approssimativamente le percentuali in peso di ciascuna fase presente in una miscela. QUALX necessita solo di dati sperimentali di diffrazione X.
Presso IBPM è operativa una piattaforma di microscopia, centro di Riferimento Nikon ( www.imagingplatformibpmcnr.it ), per imaging cellulare ad alta risoluzione su campioni fissati e cellule vive (time-lapse video recording in modalità wide field e convocare spinning disk). Sono possibili acquisizioni multimodali (fluorescenza e luce trasmessa) e multidimensionali (in x,y,z, 4 lunghezze d’onda, nel tempo).
Il docking dinamico virtuale, effettuato nel lab MOLBD3 dellʼIstituto di Biofisica, consente lʼidentificazione di nuovi farmaci attraverso le informazioni strutturali che derivano dallo studio di proteine bersaglio, responsabili di alcune patologie umane. In particolare, effettuiamo screening di farmaci o piccole molecole (librerie commerciali/proprie) contro siti proteici noti, cavità superficiali, superfici di interazioni proteina-proteina (fixed/rigid hotspots) o stati di transizione strutturale (dynamic hotspots).
L'invenzione consiste in un metodo di regolazione degli assi orizzontali della mola operatrice e della mola conduttrice di una rettificatrice senza centri accoppiato con un profilo speciale della lama di supporto del pezzo, che permette una regolazione continua dell'angolo di appoggio della lama (angolo tra la tangente al profilo della lama nel punto di contatto con i pezzo e il piano orizzontale, denotato con γ) e dell'altezza del pezzo (denotata con hw), senza richiedere la sostituzione della lama stesso e/o regolazioni manuali.
In una nostra recente pubblicazione paragonando i tessuti di pazienti con tumore della vescica e sani, abbiamo identificato gruppo RNA non codificanti specifici per il cancro della vescica, chiamati T-UCR.
L'omica integrativa ha aperto nuove sfide nella moderna medicina di precisione in ambito oncologico, tra cui l'identificazione i) di nuovi marcatori tumorali per diagnosi precoci, precise e poco invasive e ii) di innovativi bersagli molecolari per applicazioni terapeutiche. I nostri studi sul medulloblastoma, un tumore infantile altamente maligno, hanno contribuito all'individuazione di molecole di RNA che soddisfano tali requisiti.
Quantificazione diretta della percentuale di arabica in miscele di caffè tostato e macinato arabica/robusta mediante l’impiego combinato di spettroscopia di Risonanza Magnetica Nucleare (NMR) in soluzione ed analisi statistica multivariata. In particolare viene analizzato il contenuto dei metaboliti presenti in estratti acquosi di caffè e confrontato con i dati presenti nel database in nostro possesso.
Presso il laboratorio VisLab di IMM è presente un micro-spettroscopio Raman di ultima generazione in grado di effettuare misure vibrazionali ad alta risoluzione spaziale e spettrale, a temperatura controllata e in fast-imaging, per raccogliere informazioni e mappature chimico-fisiche sui campioni senza necessità di preparazione e alterazione degli stessi, dunque per studi non distruttivi e in condizioni di operatività dei sistemi.