Tecnologie

AIDD è uno strumento integrato e un modo radicalmente nuovo per scoprire nuovi farmaci per le malattie neurodegenerative (Alzheimer, Epilessia, Ageing, ecc.). Consente di testare in anticipo possibili applicazioni terapeutiche, utilizzando modelli dettagliati in silico di neuroni e reti neuronali, portando a un'implementazione clinica più agevole di farmaci nuovi e/o più specifici con proprietà terapeutiche uniche. L'obiettivo principale dell'approccio computazionale del sistema AIDD è fornire alla comunità delle neuroscienze uno strumento unico per la scopert

Il metodo è basato su sequenziamento per mappare l'accessibilità di eucromatina ed eterocromatina. Il metodo si basa sull'estrazione in sequenza di frazioni nucleari distinte contenenti: proteine solubili (frazione S1); il surnatante ottenuto dopo il trattamento con DNasi (frazione S2); cromatina DNasi-resistente estratta con un buffer ad alto contenuto di sale (frazione S3); e la porzione più condensata e insolubile di cromatina, estratta con urea che solubilizza le restanti proteine e membrane (frazione S4).

Gli aptameri, oligonucleotidi a singolo filamento che si legano ad alta affinità ad una proteina bersaglio, sono selezionati da ampie librerie mediante cicli ripetuti di incubazione della libreria con il bersaglio, recupero e amplificazione degli oligonucleotidi legati (tecnologia SELEX, Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment). La SELEX può essere applicata per la generazione di aptameri contro una proteina di interesse o per l’identificazione di biomarcatori che caratterizzano uno specifico fenotipo cellulare.

La Biocrystal Facility, un laboratorio multidisciplinare nato nell’Istituto di Biologia e Patologia Molecolari del CNR in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biochimiche dell’Università Sapienza, ha come obiettivo quello di supportare i ricercatori italiani e le aziende nella progettazione di nuovi farmaci e vaccini attraverso lo “structure-based drug design”.

EXPO è un software finalizzato alla determinazione della struttura atomica di materiali di varia natura (organici, metallorganici, inorganici), disponibili nella forma di polveri microcristalline, per risalire alle relazioni struttura-proprietà. EXPO richiede la formula molecolare del materiale, i dati sperimentali di diffrazione X e, in alcuni casi, la geometria molecolare attesa.

QUALX è un software per l’analisi qualitativa e semi-quantitativa di materiali (organici, metallorganici, inorganici), disponibili in forma di polveri microcristalline. Esso è dotato di un database distribuito insieme al software. QUALX identifica la fase chimica cristallina, una o più di una, presente in un materiale e determina approssimativamente le percentuali in peso di ciascuna fase presente in una miscela. QUALX necessita solo di dati sperimentali di diffrazione X.

Presso IBPM è operativa una piattaforma di microscopia, centro di Riferimento Nikon ( www.imagingplatformibpmcnr.it ), per imaging cellulare ad alta risoluzione su campioni fissati e cellule vive (time-lapse video recording in modalità wide field e convocare spinning disk). Sono possibili acquisizioni multimodali (fluorescenza e luce trasmessa) e multidimensionali (in x,y,z, 4 lunghezze d’onda, nel tempo).

Il docking dinamico virtuale, effettuato nel lab MOLBD3 dellʼIstituto di Biofisica, consente lʼidentificazione di nuovi farmaci attraverso le informazioni strutturali che derivano dallo studio di proteine bersaglio, responsabili di alcune patologie umane. In particolare, effettuiamo screening di farmaci o piccole molecole (librerie commerciali/proprie) contro siti proteici noti, cavità superficiali, superfici di interazioni proteina-proteina (fixed/rigid hotspots) o stati di transizione strutturale (dynamic hotspots).

Mergers e Acquisitions rappresentano forme importanti di accordi commerciali a causa dei volumi coinvolti nelle transazioni e del ruolo dell'attività di innovazione delle aziende. Abbiamo sviluppato un metodo per prevedere le future acquisizioni assumendo che le aziende acquistino più frequentemente aziende tecnologicamente vicine. Affrontiamo sia il problema di prevedere una coppia di società che faranno un accordo, sia quello di trovare una società target dato un acquirente.

Quantificazione diretta della percentuale di arabica in miscele di caffè tostato e macinato arabica/robusta mediante l’impiego combinato di spettroscopia di Risonanza Magnetica Nucleare (NMR) in soluzione ed analisi statistica multivariata. In particolare viene analizzato il contenuto dei metaboliti presenti in estratti acquosi di caffè e confrontato con i dati presenti nel database in nostro possesso.

Consente uno sviluppo sistemico ed evolutivo delle persone, delle organizzazioni e dei territori superando le criticità degli approcci tradizionali, che si bloccano a causa di riduzioni razionalistiche della complessità, oltre che per la scarsa motivazione. Si risponde così alle esigenze di sostenibilità sociale evidenziate dalla agenda 2030 dell’ONU. La metodologia si basa su 3 pilastri:

Presso il laboratorio VisLab di IMM è presente un micro-spettroscopio Raman di ultima generazione in grado di effettuare misure vibrazionali ad alta risoluzione spaziale e spettrale, a temperatura controllata e in fast-imaging, per raccogliere informazioni e mappature chimico-fisiche sui campioni senza necessità di preparazione e alterazione degli stessi, dunque per studi non distruttivi e in condizioni di operatività dei sistemi.

Il team di ricerca si pone come obiettivo la creazione di modelli 3D (micro-organi/organoidi) costruiti mediante l’uso di campioni ottenuti da pazienti, sia campioni bioptici che campioni raccolti con tecniche non invasive (condensato dell’aria esalata, l’espettorato indotto, campioni di sangue).

L'Open Chemistry Database, OChemDb, è un portale web per la ricerca e l’analisi di informazioni cristallochimiche relative a composti organici, inorganici, metallorganici, e fornisce informazioni statistiche su distanze di legame, angoli di legame, angoli di torsione, tipi di atomi e gruppi spaziali. Per ottenere le precedenti informazioni, OChemDb include e interroga un database, appropriatamente disegnato, e contenente strutture cristalline già risolte.

Applicazione di spettroscopia di Risonanza Magnetica Nucleare (NMR) ad alto campo in soluzione ed analisi statistica multivariata per la differenziazione geografica di pomodoro concentrato italiano e cinese. In particolare viene analizzato il contenuto di metaboliti presenti in estratti acquosi di pomodoro concentrato.