AIDD è uno strumento integrato e un modo radicalmente nuovo per scoprire nuovi farmaci per le malattie neurodegenerative (Alzheimer, Epilessia, Ageing, ecc.). Consente di testare in anticipo possibili applicazioni terapeutiche, utilizzando modelli dettagliati in silico di neuroni e reti neuronali, portando a un'implementazione clinica più agevole di farmaci nuovi e/o più specifici con proprietà terapeutiche uniche. L'obiettivo principale dell'approccio computazionale del sistema AIDD è fornire alla comunità delle neuroscienze uno strumento unico per la scopert
Tecnologie
In questa sezione è possibile visionare, anche attraverso ricerche mirate, le tecnologie presenti nel Database di PROMO-TT. Per maggiori informazioni sulle tecnologie e per contattare i Team di Ricerca del CNR che le hanno sviluppate è necessario rivolgersi al Project Manager (vedi i riferimenti in fondo a ogni scheda).
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Il metodo è basato su sequenziamento per mappare l'accessibilità di eucromatina ed eterocromatina. Il metodo si basa sull'estrazione in sequenza di frazioni nucleari distinte contenenti: proteine solubili (frazione S1); il surnatante ottenuto dopo il trattamento con DNasi (frazione S2); cromatina DNasi-resistente estratta con un buffer ad alto contenuto di sale (frazione S3); e la porzione più condensata e insolubile di cromatina, estratta con urea che solubilizza le restanti proteine e membrane (frazione S4).
La Biocrystal Facility, un laboratorio multidisciplinare nato nell’Istituto di Biologia e Patologia Molecolari del CNR in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biochimiche dell’Università Sapienza, ha come obiettivo quello di supportare i ricercatori italiani e le aziende nella progettazione di nuovi farmaci e vaccini attraverso lo “structure-based drug design”.
Il software EXPO per la determinazione strutturale tramite diffrazione X da polveri microcristalline
EXPO è un software finalizzato alla determinazione della struttura atomica di materiali di varia natura (organici, metallorganici, inorganici), disponibili nella forma di polveri microcristalline, per risalire alle relazioni struttura-proprietà. EXPO richiede la formula molecolare del materiale, i dati sperimentali di diffrazione X e, in alcuni casi, la geometria molecolare attesa.
QUALX è un software per l’analisi qualitativa e semi-quantitativa di materiali (organici, metallorganici, inorganici), disponibili in forma di polveri microcristalline. Esso è dotato di un database distribuito insieme al software. QUALX identifica la fase chimica cristallina, una o più di una, presente in un materiale e determina approssimativamente le percentuali in peso di ciascuna fase presente in una miscela. QUALX necessita solo di dati sperimentali di diffrazione X.
Il docking dinamico virtuale, effettuato nel lab MOLBD3 dellʼIstituto di Biofisica, consente lʼidentificazione di nuovi farmaci attraverso le informazioni strutturali che derivano dallo studio di proteine bersaglio, responsabili di alcune patologie umane. In particolare, effettuiamo screening di farmaci o piccole molecole (librerie commerciali/proprie) contro siti proteici noti, cavità superficiali, superfici di interazioni proteina-proteina (fixed/rigid hotspots) o stati di transizione strutturale (dynamic hotspots).
Quantificazione diretta della percentuale di arabica in miscele di caffè tostato e macinato arabica/robusta mediante l’impiego combinato di spettroscopia di Risonanza Magnetica Nucleare (NMR) in soluzione ed analisi statistica multivariata. In particolare viene analizzato il contenuto dei metaboliti presenti in estratti acquosi di caffè e confrontato con i dati presenti nel database in nostro possesso.
Consente uno sviluppo sistemico ed evolutivo delle persone, delle organizzazioni e dei territori superando le criticità degli approcci tradizionali, che si bloccano a causa di riduzioni razionalistiche della complessità, oltre che per la scarsa motivazione. Si risponde così alle esigenze di sostenibilità sociale evidenziate dalla agenda 2030 dell’ONU. La metodologia si basa su 3 pilastri:
Il team di ricerca si pone come obiettivo la creazione di modelli 3D (micro-organi/organoidi) costruiti mediante l’uso di campioni ottenuti da pazienti, sia campioni bioptici che campioni raccolti con tecniche non invasive (condensato dell’aria esalata, l’espettorato indotto, campioni di sangue).
L'Open Chemistry Database, OChemDb, è un portale web per la ricerca e l’analisi di informazioni cristallochimiche relative a composti organici, inorganici, metallorganici, e fornisce informazioni statistiche su distanze di legame, angoli di legame, angoli di torsione, tipi di atomi e gruppi spaziali. Per ottenere le precedenti informazioni, OChemDb include e interroga un database, appropriatamente disegnato, e contenente strutture cristalline già risolte.
Applicazione di spettroscopia di Risonanza Magnetica Nucleare (NMR) ad alto campo in soluzione ed analisi statistica multivariata per la differenziazione geografica di pomodoro concentrato italiano e cinese. In particolare viene analizzato il contenuto di metaboliti presenti in estratti acquosi di pomodoro concentrato.
E' stato messo a punto un procedimento con lo scopo di trattare contemporaneamente migliaia di organismi modello C.elegans, dall'uovo all'adulto invecchiato, in liquido in piastre da 96 o 384 pozzetti. Questa procedura può essere utilizzata per eseguire screening farmacologici e tossicologici di milioni di composti, in volumi molto piccoli e su milioni di animali. Grazie alla facile manipolazione si possono effettuare analisi semiautomatiche utilizzando lettori di piastre o strumenti di High Content Screening.
Il software è basato su modelli matematici in grado di simulare l’andamento nel tempo dei diversi stadi di una popolazione di insetti infestanti a partire da dati ambientali raccolti da capannine meteo poste in una zona di interesse e a informazioni riguardanti lo stadio di sviluppo della pianta ospite. I modelli sono di due tipi: fenologico, che fornisce informazioni sulla suddivisione della popolazione in stadi in funzione del tempo e demografico che permette di conoscere anche l’abbondanza in ogni stadio in cui è suddivisa la specie.
Recentemente, è stato dimostrato che la spettroscopia Raman può svolgere un ruolo fondamentale per coadiuvare il lavoro dell’anatomopatologo permettendo di effettuare classificazione di campioni oncologici con accuratezza praticamente del 100% nella diagnosi oncologica.
VES4YOU, una nuova bio-nanotecnologia: le vescicole extracellulari da una fonte naturale sostenibile
Nel campo della medicina di precisione e rigenerativa, nelle terapie mirate (ad es. terapie antitumorali e antimicrobiche), e nelle applicazioni nei settori cosmetico e nutraceutico è importante disporre di sistemi di nano-delivery sempre più sicuri, efficienti e specifici.